中国兴边富民战略研究院（以下简称研究院）采取“总院—分院—基地”三位一体的发展模式。

研究院总院设在中央民族大学，根据研究院的建设目标和理念制定长中短期研究目标和任务，构建兴边富民战略研究的总体架构和重点任务。分院设在兴边富民战略规划涉及的省区，选择具有边疆地区经济社会研究优势的高校及研究机构设立分院。

研究院已建内蒙古分院（内蒙古师范大学）和新疆分院（喀什大学），拟建辽宁分院、吉林分院、黑龙江分院、广西分院、云南分院、西藏分院、甘肃分院、海南分院。

基地建设通过院地、院企合作模式在边疆边境地区的140个边境县和45个边境地州建立研究观察点和调研地，作为研究院总院和分院长期观察和研究的调研基地，形成兴边富民战略宏观、中观和微观三层次综合研究体系。

目前，研究院积极推进分院和研究基地的建设，研究院“总院—分院—基地”的发展模式框架将逐步完成，成为研究院发展的重要基石。